Träger des Johann-Peter-Hebel-Heimes ist das Ev. Waisenhaus für Mädchen, das als altbadischer Verein mit Körperschaftsrechten über einen gewählten Verwaltungsrat die Kontroll- und Lenkungsfunktion der Einrichtung innehat. Er stellt den Jahresabschluss fest und entlastet die Einrichtungsleitung.
Der Verwaltungsrat besteht aus dem/der Vorsitzenden, der Stellvertretung, dem Schriftführer, dem Rechner und mindestens drei weiteren Mitgliedern. Die Mitglieder ergänzen sich mit fachspezifischen, diakonischen, ökonomischen und juristischen Kompetenzen.
Zum Verwaltungsrat gehören ferner die Einrichtungsleitung des Johann-Peter-Hebel-Heimes und ein Vertreter der Ortsstelle des Diakonischen Werkes (ohne Stimmrecht).
Der Verwaltungsrat tritt nach Bedarf, mindestens jedoch dreimal im Jahr, auf Einladung des Vorsitzenden mit Angabe der Tagesordnung zusammen. Die Mitglieder des Verwaltungsrats sind ehrenamtlich tätig.
In Rahmen dieser Trägerschaft ist der Verein und somit die Einrichtung Mitglied des Diakonischen Werkes Baden e.V.. Der Träger erstattet dem Diakonischen Werk in angemessenen Zeitabständen Bericht über seine Tätigkeit.